O Colégio de Jesus constituiu o grande alvo da política cultural do Marquês: fazer acreditar que os Jesuítas – por ele proscritos em 1759 – tinham estagnado o ensino em Portugal, foi um dos meios para erradicar a Companhia e, no caso específico de Coimbra, poder usar o vasto colégio para as instalações das novas faculdades de Medicina e Filosofia.
Assim, este quarteirão passaria para a alçada da Universidade, à exceção da Igreja e do canto sudoeste, adstritos à Diocese e ao Cabido.
A planta mostra a adaptação do complexo jesuítico às novas funções, existindo no Museu plantas parcelares que a especificam.
Este plano de implantação, copiado por Manoel de Souza Ramos, um dos oficiais ajudantes de William Elsden, apresenta a cores as várias dependências que assim permanecerão até à atualidade, com exceção do ângulo do Hospital que, no séc. XIX, foi alvo de grande remodelação, sendo mais tarde transferido para os colégios de S. Jerónimo e das Artes.