Das arquiteturas que acolheram as coleções e das vivências que as mesmas deixam entrever, bem como dos imaginários que o próprio Museu foi fabricando, decorre a sua vocação, hoje claramente assumida num amplo projeto de renovação, que procura revelar e articular os valores essenciais das preexistências arquitetónicas, requalificando o espaço em que vivem as coleções.

Enquanto cofre de alguma da mais magnífica escultura monumental portuguesa, o Museu encara como prioridade proporcionar a todos aqueles que o visitem a oportunidade de voltarem a emocionar-se perante obras para sempre deslocadas dos espaços para onde foram criadas.

O princípio que norteia o cumprimento da missão de um dos mais significativos museus de arte antiga de Portugal é, portanto, o de criar uma continuidade de espaço entre os edifícios e as coleções, por um lado, e, por outro, entre os edifícios e a envolvente urbana. Por cumprimento qualificado da missão de um museu deste género entende-se a propiciação de condições de convivência autêntica com a obra de arte, através de experiências sensoriais e emotivas, em relação às quais o discurso verbal e a racionalização aparecem em plano complementar.

As atividades a desenvolver no Museu, que habitualmente designamos de culturais e educativas, pretendem oferecer a todos, em especial à comunidade mais próxima, excelentes oportunidades de desenvolvimento de qualidades afetivas e estéticas. A programação de manifestações artísticas de tipo performativo (música, teatro, dança, etc.) obedece ao mesmo objetivo de interação com os espaços do Museu que ultrapasse as noções de mera conveniência formal e de enquadramento, contribuindo antes para criar contrastes e amplificações de valores.